ZOOM Lite

Опис

ZOOM Lite - це програмне забезпечення для відображення та візуалізації даних послідовності наступного покоління. Користувачі вводять посилальні геноми, а короткі файли читання Illumina/Solexa або кольоровий простір AB SOLiD читає файли у різних форматах, таких як * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta тощо. ZOOM видає результати відображення цих коротких читає на опорній послідовності. ZOOM Lite має швидке та точне відображення ядра, засноване на нещодавно розробленій теорії багаторазового розміщення насіння. Можна обробляти як одностороннє, так і парне читання різної довжини від 15 до 240 біт. Допускається будь-яка кількість невідповідностей та одна вставка/видалення різної довжини між зчитуванням та цільовою областю в опорній послідовності. Унікально зіставлені результати або найкращі (верхні N) результати для кожного зчитування повідомлятимуться відповідно до мінімальних невідповідностей та довжини indel. Показники якості використовуються для підвищення точності відображення. Заснований на ядрі відображення, ZOOM Lite дозволяє користувачам завантажувати локальні дані зчитування та дані послідовності посилань, вибирати належні параметри, обробляти паралельно великі обсяги даних до чотирьох процесорів, контролювати запущені завдання, зберігати результати відображення, переглядати графіки відображення результатів та результатів відображення результатів у форматах файлів * .BED або * .GFF для подальшого опитування з інформацією про відстеження браузера UCSC. Результати картографування можна переглянути в будь-якому бажаному масштабі, від графіку глибини зчитування по всій хромосомі до детального вирівнювання послідовностей між зчитуваннями та еталонною послідовністю. Користувачі легко переходять до цікавих регіонів, просто натискаючи та перетягуючи або прокручуючи. ZOOM Lite - це похідне програмного забезпечення ZOOM Studio.