RAPTOR

Опис

RAPTOR - це інноваційне програмне забезпечення, розроблене для точного прогнозування структури білка. Він поєднує вдосконалені інструменти аналізу в одному інтегрованому програмному рішенні та забезпечує три різні методи різьбонарізування. Унікальний підхід оптимізації цілочисельного програмування RAPTOR є найбільш ефективним для пошуку шаблонів структури цілей з низькою гомологією послідовності та здатний створювати високоякісні моделі. Простий у використанні інтерфейс та зрозумілі значення E ідеально підходять для початківців та експертів. Перш за все, інтуїтивно зрозуміле відображення результатів дозволяє користувачам просто зрозуміти результати. Враховуючи цільову послідовність білка, якщо є гомологічний білок із відомою 3D структурою, його можна знайти за допомогою інструментів пошуку послідовностей, таких як PSI-BLAST, також представлених у RAPTOR. Потім структура цілі будується з відомої структури; однак, коли гомологія послідовності незначна, тобто менше 25%, PSI-BLAST не може отримати впевненого влучення. На відміну від PSI-BLAST, який просто виконує пошук послідовностей, білкова різьба, розпізнавання складок використовує інформацію як про гомологію, так і про структуру. Він сканує послідовність білків з невідомою структурою на основі бази даних відомих структур. За допомогою скорингової функції та проведення аналізу сумісності між тривимірними структурами та лінійними білковими послідовностями буде визначено найкращий структурний шаблон, з якого можна будувати структуру послідовності. Як результат, білкова різьба дає вищий прогноз, ніж моделювання гомології, коли існує гомологія граничної послідовності.