FlexS

Опис

FlexS передбачає конформацію та орієнтацію одного з лігандів відносно іншого. У FlexS вважається, що еталонний ліганд є жорстким, тому йому слід надати конформацію, подібну до зв’язаного стану. Алгоритм суперпозиції у FlexS вимагає незначного ручного втручання. Ви можете інтегрувати ці знання в обчислення за допомогою FlexS, виконавши окремі кроки вручну. Таким чином, FlexS розроблено для інтерактивної роботи над парами лігандів, а також для віртуального скринінгу на основі лігандів. Двома основними застосуваннями FlexS є суперпозиціонування лігандів (наприклад, для CoMFA/QSAR) і віртуальний скринінг. Якщо у вас є білок і невелика молекула, що зв’язується з ним (так званий еталонний ліганд), але немає структури білка, ви можете прийняти еталонну структуру як негативний відбиток активного центру. FlexS визначає подібність між тестовою та еталонною структурами, вирівнюючи їх. У віртуальному скринінгу у вас є еталонний ліганд і набір сполук, і ви зацікавлені у визначенні пріоритетів сполук для експериментального тестування.